在產品微生物檢測進程中，實驗員們會接觸到許多不同的微生物種類，小編就來總結下檢測實驗中常檢出的微生物。

大腸菌群

大腸菌群，它不代表某一個或某一屬細菌，而指的是具有某些特性的一組與糞便污染有關的細菌。

大腸菌群都是直接或直接地來自人和溫血植物的糞便。普通食品中大腸菌群超標，表示食品受動溫血植物的糞便污染，其中典型大腸桿菌為糞便近期污染，其他菌屬則能夠為糞便的新鮮污染。

人吃了大腸菌群超標的食物能夠會招致：腸道傳染病、食物中毒等。

霉菌

霉菌，是絲狀真菌的俗稱，意即"發霉的真菌"，它們往往能構成分枝茂盛的菌絲體，但又不像蘑菇那樣發生大型的子實體。在濕潤暖和的中央，很多物品上長出一些肉眼可見的絨毛狀、絮狀或蛛網狀的菌落，那就是霉菌。

霉菌在我們的生活中無處不在，它比擬喜愛于暖和濕潤的環境，一有適宜的環境就會少量的繁衍，必需采取措施來阻止霉菌的繁衍或切斷其傳達途徑，就可以解脫霉菌的污染。

霉菌毒素對人主要毒性表如今神經和內分泌紊亂、免疫抑制、致癌致畸、肝腎損傷、繁衍阻礙等。

酵母

酵母是一些單細胞真菌，并非系統演化分類的單元。是子囊菌、擔子菌等幾科單細胞真菌的通稱，普通泛指能發酵糖類的各種單細胞真菌，有的為致病菌。

空氣中、人體中都存在一定數量的酵母菌，只需在適宜的環境就會快速繁衍;吃了酵母菌污染的食品易形成食物中毒，有些免疫力低的人群亦能夠發作酵母菌感染。

金黃色葡萄球菌

金黃色葡萄球菌是人類的一種重要病原菌，附屬于葡萄球菌屬，有“嗜肉菌"的別稱，是革蘭氏陽性菌的代表，可惹起許多嚴重感染。

金黃色葡萄球菌在自然界中無處不在，空氣、水、灰塵及人和植物的排泄物中都可找到。因此，食品遭到污染的時機很多。美國疾病控制中心報告，由金黃色葡萄球菌惹起的感染占第二位，僅次于大腸桿菌。

金黃色葡萄球菌是人類化膿感染中*罕見的病原菌，可惹起局部化膿感染，也可惹起肺炎、偽膜性腸炎、心包炎等，甚至敗血癥、膿毒癥等全身感染。

沙門氏菌

沙門氏菌是一種罕見的食源性致病菌。沙門氏菌屬有的專對人類致病，有的只對植物致病，也有對人和植物都致病。沙門氏菌病是指由各種類型沙門氏菌所惹起的對人類、牲畜以及野生禽獸不同方式的總稱。

感染沙門氏菌的人或帶菌者的糞便污染食品，可使人發作食物中毒。據統計在世界各國的種類細菌性食物中毒中，沙門氏菌惹起的食物中毒常列榜首。

沙門氏菌主要污染肉類食品，魚、禽、奶、蛋類食品也可受此菌污染。沙門氏菌食物中毒全年都可發作，吃了未煮透的病、死牲畜肉或在屠宰后其他環節污染的牲畜肉是惹起沙門氏菌食物中毒的*主要緣由。

由沙門氏菌惹起的食品中毒癥狀主要有惡心、嘔吐、腹痛、頭痛、畏寒和腹瀉等，還伴有乏力、肌肉酸痛、視覺模糊、中等水平發熱、躁動不安和嗜睡，延續時問2～3d，平均致死率為4.1%。

志賀氏菌

志賀氏菌即通稱的痢疾桿菌。痢疾賀志賀氏菌是招致典型細菌痢疾的病原菌，在敏感人群中很少數量的集體就可致使病。

志賀氏菌食物中毒是指由志賀氏菌惹起的細菌性食物中毒。惹起食物中毒的志賀氏菌主要是宋內氏志賀菌。主要發作在夏春季，惹起中毒的食品主要是熱肉制品等。

志賀氏菌侵入腸粘膜組織并釋放內毒素惹起癥狀。潛伏期普通10-14h。癥狀為猛烈腹痛、腹瀉(水樣便，可帶血和粘液)、發熱、里急后重清楚。嚴重者出現痙攣和休克。

溶血性鏈球菌

溶血性鏈球菌又稱沙培林,對熱和化學清毒劑均敏感，常惹起扁桃體、咽部、中耳等感染。亦為腎盂腎炎、產褥熱、猩紅熱的病原體。

普通來說，溶血性鏈球菌常經過以下途徑污染食品：

（1）食品加工或銷售人員口腔、鼻腔、手、面部有化膿性炎癥時形成食品的污染；

（2）食品在加工前就已帶菌、奶牛患化膿性乳腺炎或畜禽局部化膿時，其奶和肉尸某些部位污染；

（3）熟食制品因包裝不善而使食品遭到污染。

溶血性鏈球菌常可惹起皮膚、皮下組織的化膿性炎癥、呼吸道感染、盛行性咽炎的迸發性盛行以及重生兒敗血癥、細菌性心內膜炎、猩紅熱和風干冷、腎小球腎炎等變態反響。

李斯特菌

李斯特菌，又名單核球增多性李斯特菌、李氏菌，是一種兼性厭氧細菌，為李斯特菌癥的病原體。李斯特菌是革蘭氏陽性菌，屬厚壁菌門，取名自約瑟夫?李斯特。它主要以食物為傳染媒介，是*致命的食源性病原體之一。

李斯特菌在環境中無處不在，在絕大少數食品中都能找到李斯特菌。肉類、蛋類、禽類、海產品、乳制品、蔬菜等都已被證明是李斯特菌的感染源。

李斯特菌感染后安康成人集體可出現細微相似流感癥狀，重生兒、孕婦、免疫缺陷患者表現為呼吸急促、嘔吐、出血性皮疹、化膿性結膜炎、發熱、抽搐、蘇醒、自然流產、腦膜炎、敗血癥直至死亡。

大腸埃希菌

大腸埃希菌是人和植物腸道中的正常棲居菌。大腸埃希菌的致病物質之一是血漿凝結酶。依據致病性的不同，致瀉性大腸埃希菌被分為產腸毒素性大腸埃希菌、腸道侵襲性大腸埃希菌、腸道致病性大腸埃希菌、腸集聚性黏附性大腸埃希菌和腸出血性大腸埃希菌5種。

罕見中毒食品為各類熟肉制品、冷葷、牛肉、生牛奶，其次為蛋及蛋制品、乳酪及蔬菜、水果、飲料等食品。中毒緣由主要是受污染的食品食用前未經徹底加熱。中毒多發作在3、9月。

不同的致瀉性大腸埃希菌惹起的中毒，癥狀各不相反。

①產腸毒素性大腸埃希菌可惹起水樣腹瀉、腹痛、惡心、低熱。

②腸道侵襲性大腸埃希菌的可惹起發熱、猛烈腹痛、水樣腹瀉、糞便中有大批粘液和血。

③腸道致病性大腸埃希菌可惹起發熱、不適、嘔吐、腹瀉、糞便中有少量粘液但無血，有約20%患者由呼吸道癥狀，感染的癥狀通常比擬嚴重。

④腸集聚性黏附性大腸埃希菌可惹起成年人1-2天中度腹瀉，嬰幼兒2周以上繼續性腹瀉。

⑤腸出血性大腸埃希菌可惹起突發性的腹部痙攣、腹瀉;有些病人由水樣便，轉為血性腹瀉，腹瀉次數有時可達10屢次，低熱或不發熱;許多病人同時有呼吸道癥狀。可開展為溶血性尿毒綜合征和血栓性血小板增加性紫癜等多器官損害。老人和兒童患者死亡率很高。

副溶血性弧菌

副溶血性弧菌，為革蘭氏陰性桿菌，呈弧狀、桿狀、絲狀等多種外形，無牙孢。

進食含有該菌的食物可致食物中毒，也稱嗜鹽菌食物中毒。臨床上以急性起病、腹痛、嘔吐、腹瀉及水樣便為主要癥狀。副溶血性弧菌是一種陸地細菌，主要來源于魚、蝦、蟹、貝類和海藻等海產品。此菌對酸敏感，在普通食醋中5分鐘即可殺死;對熱的抵抗力較弱。

肉毒桿菌

肉毒桿菌是一種生長在缺氧環境下的細菌，在罐頭食品及密封腌漬食物中具有極強的生活才干，是毒性*強的細菌之一。肉毒桿菌是一種致命病菌，在繁衍進程中分泌肉毒毒素，該種毒素是目前已知的*劇毒物，可抑制膽堿能神經末梢釋放乙酰膽堿，招致肌肉松弛型麻木。

肉毒桿菌在自然界散布普遍，土壤中常可檢出，偶亦存在于植物糞便中。

人體的胃腸道是一個良好的缺氧環境，適于肉毒桿菌寓居。肉毒桿菌屬于厭氧菌，嚴厲厭氧，在胃腸道內既能分解葡萄糖、麥芽糖及果糖，產酸產氣，又能消化分解肉渣，使之變黑，糜爛惡臭。在厭氧環境中，此菌能分泌劇烈的肉毒毒素，能惹起特殊的神經中毒癥狀，致殘率、病死率極高。

攝食肉毒桿菌的食品可引發食物中毒，如pH>4.6的低酸性罐頭食品(含鐵罐，玻璃罐)或香腸、火腿。人感染肉毒桿菌后會出現視覺模糊、呼吸困難、肌肉乏力等癥狀，如病情嚴重能夠招致死亡。

霍亂弧菌

霍亂弧菌是人類霍亂的病原體,霍亂是一種新鮮且盛行普遍的烈性傳染病之一。曾在世界上惹起屢次大盛行，主要表現為猛烈的嘔吐，腹瀉，失水，死亡率甚高。屬于國際檢疫傳染病。

人類在自然狀況下是霍亂弧菌的獨一易感者，傳達途徑主要是經過污染的水源或未煮熟的食物如海產品、蔬菜經口攝入。寓居擁堵，衛生狀況差，特別是公用水源是形成爆發盛行的重要要素。

消費中的控制主要是嚴厲審核原資料的來源，以及消費工序中的滅菌處置。

變形桿菌

變形桿菌是人和植物的寄生菌和病原菌。普遍散布在自然界中，如土壤、水、渣滓、糜爛無機物及人或植物的腸道內。

可惹起多種感染。中毒食品主要以植物性食品為主，其次為豆制品和涼拌菜，發病時節多在夏、秋，中毒緣由為被污染食品在食用前未徹底加熱，變形桿菌食物中毒是我國罕見的食物中毒之一。進食后2~30小時出現上腹部刀絞樣痛和急性腹瀉，伴有惡心、嘔吐、頭痛、發熱。病程較短，普通1~3天可恢復，很少有死亡。

空腸彎曲菌

空腸彎曲菌菌體輕度彎曲似逗點狀，在暗視野鏡下觀察似飛蠅。有莢膜，不構成芽胞。*適溫度為37～42℃。在正常大氣或無氧環境中均不能生長。

空腸彎曲菌是多種植物如牛、羊、狗及禽類的正常旅居菌。在它們的生殖道或腸道有少量細菌，故可經過火娩或排泄物污染食物和飲水。人群普遍易感，5歲以下兒童的發病率*，夏春季多見。蒼蠅亦起重要的媒介作用。亦可經接觸感染。感染的產婦可在分娩時傳染給胎兒。

空腸彎曲菌有內毒素能侵襲小腸和大腸粘膜惹起急性腸炎，亦可惹起腹瀉的爆發盛行或團體食物中毒。該菌有時可經過腸粘膜入血流惹起敗血癥和其他臟器感染，如腦膜炎、關節炎、腎盂腎炎等。孕婦感染本菌可招致流產，早產，而且可使重生兒受染。

蠟樣芽孢桿菌

芽胞桿菌屬中的一種。菌體細胞桿狀，末端方，成短或長鏈，革蘭氏陽性。

蠟樣芽胞桿菌與少數食物中毒有關(約2–5%)，包括一些嚴重的惡心、嘔吐以及腹痛。

大約來說，桿菌性食物中毒是由于錯誤地烹調方法形成細菌孢子殘留在食物上，更蹩腳的是食物被不當冷凍而讓孢子發芽。細菌繁衍的結果是發生腸毒素，人食用含毒素的食物后會發生嘔吐、腹瀉等不良癥狀。

耶爾森氏菌

耶爾森菌屬于腸桿菌科，包括鼠疫耶氏菌、小腸結腸炎耶氏菌與假結核耶氏菌等十余個菌種，這是一類革蘭陰性小桿菌。

其鼠疫耶氏菌、小腸結腸炎耶氏菌與假結核耶氏菌對人類的致病性已明白，其中鼠疫耶氏菌具有F1、V/W、Pgm、Pst1等重要的毒力因子，毒力很強，大批細菌即可使人致病。本屬細菌通常先惹起嚙齒植物、牲畜和鳥類等植物感染，人類經過接觸已感染的植物、食入污染食物或節肢植物叮咬等途徑而被感染。

阪崎腸桿菌

阪崎腸桿菌是乳制品中近幾年新發現的一種致病菌。阪崎腸桿菌能惹起嚴重的重生兒腦膜炎、小腸結腸炎和菌血癥，死亡率高達50%以上。目前，微生物學家尚不清楚阪崎腸桿菌的污染來源，但許多病例報告標明嬰兒配方粉是目前發現的主要感染渠道。

感染性疾病是當今世界嚴重要挾人類安康的嚴重疾病。目前，全球感染性疾病的發病率有所上升，病原體出現多樣化和復雜化的開展趨向。近年來快速開展的NGS技術因其不依賴于已知核酸序列，無需特殊探針設計，可直接對未知病原微生物停止檢測，打破了傳統微生物檢驗的局限性，在臨床微生物范圍展現了寬廣的前景。

感染性疾病簡介

感染性疾病多為細菌、病毒和真菌等病原體及其產物所惹起的局部或全身性炎癥或器官功用阻礙，具有較大的危害性和較高的病死率。目前，全球感染性疾病的發病率有所上升，病原體出現多樣化和復雜化的開展趨向。

重癥急性呼吸綜合征、新型冠狀病毒感染、新變異型克雅病、H7N9 禽流感等新發感染性疾病不時出現。而HIV、多重或廣譜耐藥的結核分枝桿菌、沙眼支原體等經典感染性疾病病原體又死灰復燃或出現新的致病特征。各種新發和再發的感染性疾病、不易發現的多重感染以及不明病因的發熱等，都給人類安康帶來了龐大的要挾，因此，臨床上對感染性疾病診斷的準確性和時效性提出了更高的要求。

感染性疾病診斷現狀

快速、準確的診斷是有效治療、病情監測和控制疾病蔓延的重要前提。隨著分子檢測技術的不時開展和完善，分子檢測在病原微生物感染診斷及治療監測上的臨床運用日益普遍，已成為一些重要的感染性疾病的診斷和療效評價中不可缺少的重要工具。目前常用的病原微生物分子檢測方法主要包括：基于PCR的電泳法、實時熒光定量PCR（QPCR）、數字PCR、基因芯片技術、測序技術（Sanger測序技術、焦磷酸測序技術、高通量測序技術）等。

在感染性疾病范圍中，取得病原體的活體（關于細菌、真菌、病毒而言，主要是培育陽性），是感染性疾病診斷的金規范，但病原體的體外培育耗時普遍較長，操作步驟繁瑣，且絕大少數病原體不可培育；免疫學方法（如補體結合實驗、中和實驗、酶聯免疫吸附實驗、免疫熒光法和酶標斑點免疫法等）操作復雜，但由于病原體種類單一，已研發的抗原、抗體數量遠遠不能滿足市場需求；PCR 檢測具有極高的靈敏度和特異性，但無法完成高通量篩查，檢出率較低；基因芯片技術只能對已知的病原體基因組停止意向性篩查， 而無法檢測新的未知病原體。據統計，約70%的感染性疾病患者因傳統檢測方法無法確定病原體信息，不能失掉及時有效地救治，從而使病情好轉。因此，快速、特異且高通量的病原體檢測方法，對有效診斷和及時防治感染性疾病具有重要的意義。

近年來快速開展的NGS技術因其不依賴于已知核酸序列，無需特殊探針設計，可直接對未知病原微生物停止檢測，打破了傳統微生物檢驗的局限性，在臨床微生物范圍展現了寬廣的前景。

NGS 在臨床微生物檢測中的運用

1. 感染性疾病的病原體鑒定

傳統的病原微生物鑒定方法主要有涂片鏡檢、分別培育、生化反響和質譜等方法，但其存在周期長、進程復雜及靈敏度高等缺陷，如分枝桿菌菌種鑒定需求長達30～40 d的時間，而一些苛養菌及病毒對培育條件要求*苛刻，甚至不能培育。以PCR 為基礎的分子診斷技術處置了上述局部病原體鑒定的效果，但難以處置未知微生物的檢測難題未知微生物在未知核酸序列時無法設計引物，成為這類技術的*阻礙。NGS檢測則無需對病原體停止分別培育，也不依賴已知核酸序列，可直接對標本停止測序鑒別，大大節省了檢測時間，提高了診斷效率，在對未知物種及難以培育的病原體鑒定方面具有無與倫比的優勢。

NGS 在病原體鑒定方面的運用主要有2種方式 ， 即rRNA基因測序和全基因組測序（whole genome sequencing, WGS）。rRNA 基因測序在臨床上常用于細菌、真菌的鑒定，同時也是菌群剖析的基礎。WGS與rRNA基因測序相比，可獲取的信息愈加片面，適用于病毒鑒定。因大局部病毒不可培育，且高度變異，NGS 與 Sanger測序、基因芯片等法相比，效率更高，且無需設計特定探針，更適宜用于復雜臨床標本中的病毒鑒定。

2. 病原體分型及盛行溯源

病原體分型方法包括基因組重復序列擴增、隨 機擴增多態性 DNA、脈沖場凝膠電泳、多位點序列分型技術等。這些技術可檢測病原體的型別，但分辨率較低，關于相似或變異度極高的病原體如病 毒等則常無法區別，而 NGS則補償了此項缺陷，其可檢測病原體全基因組序列，取得全部遺傳信息，被以為是分辨率*的病原體分型方法。近年來，隨著抗生素的不規范運用甚至濫用，使細菌耐藥狀況日益突出，耐藥菌株在醫院內的爆發盛行時有發作。因此，對盛行細菌停止追蹤和溯源十分重要。在對耐藥菌等病原體停止分型的基礎上，判別同源性遠近，分辨出不同的退化路途，可追蹤或預防盛行性疾病的大爆發。

3. 病原體耐藥及毒力特征檢測

在抗生素和宿主免疫等多重要素的壓力下，病原體在毒力和耐藥方面均發作了相應改動。各種高毒力株及耐藥株的出現是招致感染性疾病發病率和病死率居高不下的重要緣由。臨床上病原體耐藥及毒力特征的檢測慣例采用體外藥物敏感性實驗、耐藥菌表型檢測或核酸擴增等方法。這些方法操作繁瑣，且較費時、費力。NGS 通量高、快速，在一次測序反響中即可取得細菌整個基因組的耐藥、毒力等相關基因信息，同時還可對目的基因、基因定位、基因環境、質粒相關序列等展開片面研討，有助于提醒病原體毒力及耐藥機制，對臨床治療及指點用藥均具有重要意義。

4. 與人體疾病相關的微生態失衡宏基因組

宏基因組學（Metagenomics）以微生物生態群落中一切微生物的基因組為研討對象，經過研討群落中物種組成和功用組成、同一個群體內不同微生物的相互作用、微生物群落與宿主之間的相互作用，并停止不同表型的樣品比擬、剖析，來解釋生物學 現象。近年來，NGS 技術越來越普遍地被運用于腸道微生物范圍的宏基因組學研討。多項研討標明，腸道菌群與宿主共生并共退化的進程中，在營養、代謝及免疫等多個方面影響著人體安康。腸道微生態失衡與人體多種疾病，如感染性疾病、瘦削癥、糖尿病、肝病、冠心病及腫瘤等之間存在親密關系。

腸道微生物宏基因組學研討則為研討腸道微生物與相關疾病的關系開拓了新途徑，是近年來研討的熱點。腸道微生物中關鍵功用菌更是有能夠成為疾病診治的新型生物標志物和治療靶點。此外，病毒宏基因組測序直接以環境中一切病毒的遺傳物質為研討對象，可快速鑒定一切病毒組成，在對已知或未知病毒病原體的及時發現和靜態監測等方面具有突出優勢，對病毒感染性疾病的防治有 重要意義。NGS因其測得數據量大、本錢低、速度快的特點，無疑將成為研討腸道微生物和宏基因組學的有力工具。

NGS 在運用中面臨的應戰

目前，NGS 技術慣例運用于臨床病原學檢測仍存在很多實踐效果:

• 病原體鑒定的準確度很大水平取決于剖析的參考數據庫的范圍和完整性;
• 臨床標本的復雜性，能夠使病原體信息太少而招致數據喪失或病原體數據混雜在正常菌群中難以區分;
• NGS測序數據的解讀至關重要，測序的長度、數量、質以及試劑能夠的細菌污染，均可影響病原體識別，招致標本中細菌多樣性估量過高;
• 目前尚未樹立不同標本測序前處置和參數設置的一致規則，微生物 NGS測序質量評價、質量控制體系亦尚在樹立中。

中國基因檢測行業市場快速開展，增長速度遠超全球水平，未來市場空間龐大，估量2020年將增長至378.8億元人民幣。我國作為人口大國，基因檢測行業已成為國度“精準醫學”戰略規劃的重要組成局部，開展前景寬廣，而病原微生物基因檢測的市場有愈加寬廣的空間值得我們去開拓。

參考來源：

1. 新一代測序技術在臨床微生物檢測中的運用

2. 感染性疾病病原學診斷新技術與臨床運用戰略

3. 宏基因組測序在感染性疾病病原體檢測中的運用